內蒙古醫科大學蒙醫藥研究院是內蒙古醫科大學內設學術研究機構，主要負責組織開展蒙醫藥學術研究活動，關注、了解、分析國內外蒙醫藥相關前沿信息，為學校的蒙醫藥發展戰略提供有效依據；同時組織完成所承擔的各項科研以及蒙醫藥人才培養任務。

蒙醫藥研究院成立于2010年，位于內蒙古醫科大學金山校區H座，建筑面積約3600㎡，下設綜合辦公室、蒙藥重點實驗室、蒙醫藥綜合實驗中心（研發中心）等常設機構和蒙醫臨床研究所、蒙醫藥文獻研究所、蒙藥研究所、蒙醫研究所等非常設機構，擁有核磁共振波譜議、液質聯用儀、原子吸收儀、高效液相色譜儀、氣相色譜儀、紫外分光光度計、紅外分光光度、熒光分光光度計、提取濃縮機組等價值近5000萬元的儀器設備。具有蒙醫藥基礎理論現代創新研究、蒙醫藥文獻數字化研究團隊、蒙藥炮制及質量標準現代研究、蒙藥有效成分及分子配方新藥研究、蒙藥方劑配伍規律現代研究等較為穩定的研發團隊，具備藥物有效成分提取、結構分析、活性成分篩選、質量標準的制定、制劑和炮制工藝研究等開發性研究條件和能力。是國務院學委辦公室碩士學位授權一級學科點建設單位，教育部高等學校特色專業—蒙藥學建設點，國家中醫藥管理局“十二五”重點學科—蒙藥學建設點，也是“內蒙古自治區蒙中藥重點實驗室”，“內蒙古自治區高等學校蒙藥重點實驗室”和“內蒙古自治區醫療衛生領域蒙藥學重點實驗室”所在地。

研究院現有固定人員18人，其中具有高級職稱者7人，中級職稱者6人；具有博士學位者7人，碩士學位者10人。

目前，研究院本著突出優勢，找準定位，特色發展的原則，通過與其它相關專業學科之間的相互滲透、交叉融合、資源共享，優勢互補，將建成為全校，乃至全區蒙醫藥學、中藥學、藥學高級人才（博士、碩士、本科生）培養及科研與開發的平臺，為促進內蒙古醫科大學和全區科技創新與人才培養工作發揮重要作用，形成具有鮮明民族特色和地區特色的蒙藥研究和人才培養基地。

蒙藥重點實驗室

Aperio CS2型數字病理掃描系統

LCQADVANTAGEMAX型液質聯用儀

ZEEnit700型原子吸收分光光度儀

瓦里安300型核磁共振儀