1957年建�；I備工作開始，1958年春成立內蒙古中蒙醫學院建�；I備委員會，當年開始招生，招有中醫、蒙醫兩個專業。內蒙古中蒙醫院和中蒙醫研究所是當時的附屬醫院。1958年夏，將內蒙古中蒙醫學院與內蒙古醫學院合并成立內蒙古醫學院中蒙醫系。本年開始招收5年制蒙醫本科班，開創了蒙醫本科教育之先河。

1959年將內蒙古醫學院蒙醫專業師生轉交給內蒙古衛生老干部培訓學院，1961年回歸。1964年將中蒙醫系及附屬醫院轉交衛生廳管理，1966年又返回醫學院。1972年附屬中蒙醫院轉交衛生廳管理至今。

教學工作形成規模的蒙醫專業從1983年到2003年的20年期間停止了招生。但在黨的傳統醫藥政策的大力支持，尤其在內蒙古自治區政府21世紀初出臺的重視蒙醫藥政策的扶持下2003年中蒙醫系又開始恢復招生，2006年成立了蒙醫藥學院。

1958～2008年期間，主要招收5年制本科生為主先后培養出1000余名學生。其中還開辦了5屆3年制大專班(1972～1976)、1屆4年制高等�？瓢�、1屆3年制中專班。除此之外，還招收了7屆計劃外高等�？瓢唷，F在校生達1000余名。

從1993年開始先后招收蒙古國留學生10個班級，到2012年為止，已培養112名留學生，現在在校留學生86名。1959～1960年舉辦兩屆全區蒙醫進修班，1964年舉辦一屆蒙醫研究生班。

20世紀末，蒙醫高等教育進入二次創業高潮，開始培養國內外碩士研究生，1980年白青云教授培養了一名研究生。因當時學校沒有授予權，未能授于碩士學位。1992年蒙醫醫史文獻專業獲得碩士研究生培養資格。當年吉格木德教授任導師培養出首屆蒙醫文獻專業3名碩士研究生，在此基礎上逐步發展成能夠培養多方向碩土研究生的民族醫學專業和蒙醫系結合專業，先后培養百余名碩士，現在在讀碩土研究生達到百余名。

21世紀初，蒙醫高等教育迎來了第三次創業高潮，開始培養博士研究生。2004年內蒙古醫學院與北京中醫藥大學簽訂聯合培養博土研究生合作協議，羅布桑、吉格木德兩位教授任導師，2005年和2011年分別與北京中醫藥大學和天津中醫藥大學聯合培養民族醫學（蒙醫學）和中藥學（蒙藥學）專業博士研究生。2006年和2007年分別開始招收蒙藥專業本科生和護理專業（蒙醫方向）本科生。2018年中醫學（蒙醫學）獲得博士學位授權一級學科。